Следствие проходило в Перми, властям не удалось доказать участие архиерея в сопротивлении изъятию. 19 января 1923 г. Пермский окружной суд обвинил его в «моральной и материальной поддержке правительства Колчака» и приговорил к 7 годам принудительных работ с заключением в Пермском исправдоме (позднее срок был сокращен до 2 лет с зачетом предварительного заключения).
22 декабря 1922 г. арестовали и действующего пермского епископа Сильвестра (Братановского), якобы утаившего наперсный крест с бриллиантами во время изъятия церковных ценностей. Как выяснилось, комиссия явилась в храм во время богослужения, крест был на владыке, и на него не обратили внимания. В действительности архиерей был арестован за скрытое противодействие обновленцам, т.к. сотрудники городского отдела ГПУ полагали, что арест епископа «лишает мощности реакционные группы, что в свою очередь дает возможность прогрессивной группе духовенства шире развернуть свою работу». Весной 1923 г. состоялся процесс над епископом Сильвестром и членами церковного совета Воскресенского собора, обвинявшихся в «небрежном отношении к своим обязанностям». 7 апреля 1923 г. архиерей был приговорен Пермским губернским судом к трем годам лишения свободы, но освобожден досрочно, и уже в июле приходский совет Свято-Троицкого храма на площади Коммуны просил горадмотдел разрешить владыке Сильвестру совершать богослужения.